سازمان امور مالیاتی در نهم مهر سال 90، طی بخشنامه‌ای اعلام کرده بود که طبق بند 9 ماده 12 قانون مالیات بر ارزش افزوده، معافیت از مالیات و عوارض ارزش افزوده منحصر به ارائه خدمات درمانی (انسانی، حیوانی و گیاهی) و خدمات توانبخشی و حمایتی بوده و قابل تسری به سایر خدمات از قبیل خدمات بیمه درمان و تکمیل درمان نیست.

این بخشنامه مورد اعتراض اداره کل منابع طبیعی و آبخیزداری استان گلستان قرار گرفت و اداره موصوف با تقدیم دادخواستی به دیوان عدالت اداری، ضمن درخواست ابطال بخشنامه سازمان امور مالیات، اعلام کرد:« در بند 9 ماده 12 قانون مالیات بر ارزش افزوده، انواع دارو، لوازم مصرفی درمانی، خدمات درمانی و خدمات توانبخشی و حمایتی، مورد تأکید و تعمیم قرار گرفته که نشانگر قصد و اراده قانونگذار در شمولیت آن نسبت به انواع بیمه‌ها و خدمات درمانی است.

در بخش دیگری از این شکایت آمده است: در بند 9 ماده 12 به کلمه «انواع خدمات» اشاره شده لذا هرگونه تفسیر به اینکه خدمات بیمه تکمیلی درمان خارج از این بند است، تفسیر به رأی و بر خلاف نص عام قانونی است.

سازمان امور مالیات نیز در پاسخ به شکایت مطروحه اعلام کرد: به موجب مفاد ماده 5 قانون مالیات بر ارزش افزوده و بخشنامه مورخ 28 آبان سال 87 سازمان امور مالیاتی، ارائه انواع خدمات بیمه‌ای از جمله بیمه تکمیل درمان، مشمول پرداخت مالیات و عوارض موضوع قانون مذکور است. بر این اساس کلیه اشخاص مشمول نظام مالیات بر ارزش افزوده از جمله شرکت‌های بیمه‌گر تجاری، هنگام ارائه خدمات بیمه‌ای مکلفند مالیات و عوارض متعلقه را بر اساس ضوابط و مقررات مذکور از دریافت کنندگان خدمت مطالبه کنند.

در نهایت، هیئت عمومی دیوان عدالت اداری در تاریخ دهم مرداد سال 96 تشکیل جلسه داد و ضمن ابطال بخشنامه سازمان امور مالیاتی اعلام کرد: مطابق بند 9 ماده 12 قانون مالیات بر ارزش افزوده، انواع دارو، لوازم مصرفی درمانی، خدمات درمانی، خدمات توانبخشی و حمایتی از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده معاف اعلام شده است. نظر به اینکه در سطر آخر بخشنامه مورد اعتراض، پرداخت خدمات بیمه، درمان و تکمیل درمان از معافیت مذکور در حکم قانون پیش گفته خارج شده است، بنابراین این قسمت از بخشنامه مغایر قانون یاد شده بوده و تصویب آن از حدود اختیارات سازمان امور مالیاتی خارج است و مستند به بند یک ماده 12 و ماده 8 قانون تشکیلات و آیین دادرسی دیوان عدالت اداری مصوب سال 1392، ابطال می‌شود. اعضای هیئت عمومی دیوان عدالت اداری با اعمال ماده 13 قانون اخیر‌الذکر و تسری ابطال بخشنامه به زمان تصویب آن فقط نسبت به پرداخت‌کنندگان مستقیم مالیات بر ارزش افزوده موافقت کردند.